Додають в їжу мускатний горіх в дуже не великих кількостях - не більше 0,1 грама на одну порцію. В Україні з мускатним горіхом готують варення, компоти, пудинги та солодощі з тіста - кренделі, печива, пироги і т.д. У західноєвропейській кухні його застосовують для ароматизації овочів - додають в салати і пюре з картоплі, брукви, ріпи, овочеві супи, майже в усі грибні страви, в соуси для всіх видів домашньої птиці, в макарони, в ніжні види м'яса і рибні страви (відварна і тушкована риби, холодець, рибні супи).